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Citogenética de próxima geração: implementação e primeiros resultados em Portugal
Dezso David1; Natália Oliva-Teles2,3; J Freixo4; Ana Fortuna2,3; Natalyia Tkachenko2; Isabel Carvalho4; M Marques1; M Cardoso1; J Fino1; Bárbara Marques1; AC Alves1; Sofia Dória5; Carla Pinto de Moura5; Isabel Marques Carreira6; Hildeberto Correia1; RM Gonçalves4; João Lavinha1; Teresa Kay4; Michael E Talkowski7; Cynthia Casson Morton8
1Departamento de Genética Humana, Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Lisboa
2Centro de Genética Médica Dr Jacinto Magalhães, Centro Hospitalar do Porto, Porto
3Unidade Multidisciplinar de Investigação Biomédica (UMIB), Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar (ICBAS), Universidade do Porto, Porto ]]>
4Serviço de Genética, Centro Hospitalar de Lisboa Central, Lisboa
5Faculdade de Medicina, Universidade do Porto, Porto
6Faculdade de Medicina, Universidade de Coimbra, Coimbra
7Center for Human Genetic Research, Massachusetts General Hospital, Boston, USA
8Department of Obstetrics and Gynaecology and Pathology, Brigham and Women’s Hospital, Harvard Medical School, Boston, USA
E-mail: natalia.teles@chporto.min-saude.pt
Introdução: As alterações cromossómicas estruturais pro- vocam doenças de severidade variável que acarretam sofrimento individual e familiar significativo. Para compreensão da sua etiologia e estabelecimento de um possível prognóstico, uma adequada correlação fenótipo-genótipo é fundamental. O presente estudo faz parte do projeto intitulado l1lCitogenética de Próxima Geração Irrompe nos Cuidados de Saúde e Con- tribui para Anotação do Genoma Humanol1l, que visa a introdução da sequenciação de próxima geração (NGS) na citogenética clínica, tirando partido dessa inovação única na deteção de variantes estruturais, com uma resolução de um nucleótido para a criação de uma citogenética de alto rendimento, catalisadora de notáveis avanços no diagnóstico clínico e resulta da colaboração entre seis Instituições nacionais e a Harvard Medical School. Estima-se que exista um número considerável de indivíduos portadores de diversas patologias, incluindo algumas de início tardio associadas a rearranjos genómicos por identificar. Assim, é fundamental a identificação e a referência destes indivíduos com possíveis rearranjos cromossómicos associados a doenças.
Material e Métodos: Ate à data, cerca de 20 indivíduos ou famílias foram incluídos neste estudo. Estes cumpriam os requi- sitos de admissão estabelecidos, i.e., anomalias cromossómicas (translocações e inversões equilibradas) associadas a fenótipos (ex: malformações congénitas, ADPM, infertilidade recorrente específica, e doenças de início tardio, incluindo oncológicas). Destes, em 16 foi aplicada a sequenciação de próxima geração utilizando bibliotecas de sequenciação de grandes insertos.
]]> Resultados: A análise comparativa de uma translocação dupla demonstrou que a abordagem baseada em NGS é capaz de identificar o espetro completo de alterações estruturais que não tinham sido previamente identificadas pelas metodologias clássicas e confirmou que, na grande maioria dos casos, estamos na presença de alterações estruturais simples, equilibradas ou não, embora em três casos tivessem sido identificados rearranjos cromossómicos complexos e, num quarto, chromothripsis. Duas das amostras analisadas tiveram origem pré-natal. No total foram identificados mais de 50 pontos de quebra e um conjunto de possíveis genes candidatos.Conclusões: A aplicação desta metodologia permitirá, sem dúvida, a introdução da Citogenética de Próxima Geração nos cuidados de saúde e contribuirá significativamente para me- lhorar a predição das consequências clínicas dos rearranjos cromossómicos detetados em prée pós-natal. A análise de amostras de origem pré-natal demonstrou a viabilidade desta abordagem no estudo de anomalias cromossómicas detetadas no feto. Adicionalmente, o presente estudo dará importantes contribuições para a anotação do genoma humano.
Projeto cofinanciado pela Fundação para a Ciência e Tecnologia (HMSP-ICT/0016/2013).
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